1. Μεταπτυχιακά Προγράμματα Τμήματος

• "Επιστήμη και Τεχνολογία των Υπολογιστών"
  
  
• "Ολοκληρωμένα Συστήματα Υλικού και Λογισμικού",
  
  

2. Διαπανεπιστημιακά-Διατμηματικά Μεταπτυχιακά Προγράμματα

• "Συστήματα Επεξεργασίας Σημάτων και Εικόνων",
  
  
• Μαθηματικά των Υπολογιστών και των Αποφάσεων",
  
  
• "Λογική και Θεωρία Αλγορίθμων και Υπολογισμού"
  
  
• "Πληροφορική Επιστημών Ζωής",